南京臨時政府是一個具有資產階級民主共和國性質的革命政府。在政體上，南京臨時政府基本上是依據“三權分立”原則建立起來的總統制政府。臨時政府的行政系統由臨時大總統、行政各部和直屬機構組成。

一、臨時大總統

臨時大總統是南京臨時政府的核心，其地位十分顯要。臨時大總統既是國家元首，又是最高行政首長，擁有廣泛的職權:

(1)軍權。

(2)和戰權。

(3)創制權。

(4)任免權。

(5)復議權。

(6)設置法院權。

臨時大總統的辦事機構有兩類:一為總統府秘書處，直接承辦總統府事務;二為專門性機關，襄助總統辦理專門事務。

二、中央行政各部

南京臨時政府的行政建制的特點:

(1)機構的設置比較合理和集中。

(2)實行總統垂直領導制。

(3)行政各部建制的順序適應了當時形勢的要求。

三、《中華民國臨時約法》中設計的責任內閣制

《中華民國臨時約法》(簡稱《臨時約法》)，并于1912年3月11日以臨時大總統名義正式公布。這是一部具有資產階級憲法性質的法律文獻，是南京臨時政府立法建制方面最重要的成果。《臨時約法》采取責任內閣制。