一、省

1.總督、巡撫、提學。

總督為正二品地方大員，兼尚書銜者為從一品，總管一省或數省之軍政事務。

巡撫是一省的地方行政長官，例兼兵部侍郎和都察院右副都御史，資望高的巡撫也可加兵部尚書銜，故稱“撫軍”、“撫院”，俗稱“撫臺”。

提督學政主管一省學校、科舉事務，俗稱“學臺”，其辦事衙門稱“學院”。

2.二司。

巡撫之下設置兩個平行的省級機構布政使司和按察使司，合稱二司。

二、道

省下設道，其長官稱道員，俗稱“道臺”。道的主要職責是協助督撫及布、按二司管理地方政務，監督所屬府、州、縣。

依地域劃分的道有“守道”和“巡道”兩種。

三、府、廳、州、縣

府是宣布國家政令的重要機構，其長官為知府，又稱“黃堂”，京都所在府之長官稱府尹。廳本不是固定的地方行政機構，知府副職同知或通判常被派出分防，專管某地方政務，其辦理處所就叫廳。

州也分為直隸州和屬州兩種。

縣是最基層的地方政府，隸屬于府或直隸州。

四、里社制和保甲制

里社制基本承襲明朝里甲制。里社制的作用在于調查田糧丁口以作為征收賦役的依據。保甲制度采用保、甲、牌三級統屬體制。保甲制與里社制的戶籍統計有所不同，里社制以戶為主，主要是為了弄清一戶負擔的田糧丁銀情況，保甲制則以人為主，目的是弄清人口的流動情況。

五、特殊行政區的行政體制

在蒙古族聚居區實行盟旗制度。清朝在今新疆地區實行伯克制度。

清朝將東北封閉起來，實行軍事統治、設置盛京將軍、吉林將軍和黑龍江將軍統治東北，東北各族人民均被編入八旗制度下的基層軍事組織牛錄之中。清朝在西藏地區實行政教合一制度。

在南方少數民族地區，清初仍沿襲土司制度，實行間接統治。